Die löslichen Ballaststoffe in duobiota gelangen aus dem Dünndarm unverdaut in den Dickdarm, wo sie den „guten” Darmbakterien als Nahrung dienen. Durch den bakteriellen Abbau entstehen kurzkettige Fettsäuren, die sich günstig auf die Zusammensetzung der gesamten Darmflora und die Funktionsfähigkeit der Darmschleimhaut auswirken.